O Border Collie é, via de regra, uma raça muito saudável, em comparação a outros cães de raça pura.

Contudo, como toda raça, existem doenças e problemas que são muito comuns na população.

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As principais doenças controláveis da raça são: displasia de quadril e cotovelos, OCD, CEA e DM. Além dessas, a raça tem tendência a ter problemas de epilepsia, coluna, alergias e câncer.

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Como controlar?

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Além do controle dos pais com exames de DNA e de imagem (raio X), muitas das doenças de cães de raça pura acontecem devido a cruzamentos endogâmicos - cruzamentos entre parentes próximos. Nós do canil rebuliço somos veementemente contra cruzamentos endogâmicos e procuramos sempre acasalar cães o menos aparentados possíveis. Nós acreditamos que não existe benefício imediato, como fixação de características ou homogeneidade de ninhada, que justifique essa prática que trás malefícios diretos ao individuo - aumentando a incidência de doenças multi gênicas e recessivas, como câncer, alergias, alem de diminuir a imunidade geral do indivíduo - e a raça como um todo.